El Colegio San Benito fue fundado el año 1982 en una casa en la calle Luis Thayer Ojeda. Su fundador y primer Rector fue José Manuel Eguiguren Guzman, también fundador del Movimiento Apostólico Manquehue.
En 1983 se fundó el colegio de mujeres llamado Santa Escolástica, en una casa cercana al Colegio San Benito.
Nos trasladamos al actual establecimiento el año 1985.
En 1990 se confirma y gradúa la primera generación de hombres; y en 1992, la primera de mujeres. Hasta ahora han egresado 25 generaciones